Der Zeller See liegt zur Gänze im Gemeindegebiet der für den See Namen gebenden Stadt Zell am See im Pinzgau im Salzburger Land, Österreich.

Er entstand am Ende der letzten Eiszeit vor etwa 10.000 bis 16.000 Jahren durch eine von den Eismassen der nördlichen Glocknergruppe hervorgerufene Ausschürfung. Die heutige Fläche des Sees ist ein Überbleibsel der ursprünglichen Wasserfläche, die im Norden bis nach Saalfelden reichte und im Süden auch einen Teil des Salzachtales ausfüllte.